Az Egyetem a következő karokra tagozódik:

A) Az Egyetem székhelyén, a Gödöllői Kampuszon működő karok

- Gazdaság- és Társadalomtudományi Kar (GTK)

- Gépészmérnöki Kar (GEK)

- Mezőgazdaság- és Környezettudományi Kar (MKK)

B) Az Egyetem székhelyén kívül működő karok és kari jogállású szervezeti egységek

- Alkalmazott Bölcsészeti Kar (ABK Jászberény)

- Állatorvos-tudományi Kar (ÁOTK Budapest)

- Ybl Miklós Építéstudományi Kar (YMÉK Budapest)

- Gazdasági Kar (GK Békéscsaba)

- Víz- és Környezetgazdálkodási Kar (VKK Szarvas)

- Pedagógiai Kar (PK Szarvas)

- Egészségtudományi és Környezet-egészségügyi Intézet (EKI Gyula)

Az Egyetemnek, mint befogadó intézménynek a beolvadó karok (intézet) működésének koordinálására és közös szolgáltatási feladatainak ellátására létrehozott regionális központja a Tessedik Sámuel Egyetemi Központ

Az Egyetemen a következő, a felsőoktatási képzéssel, a tudományos kutatással és a szaktanácsadással összefüggő igazgatási, gazdasági, szolgáltatást ellátó, illetve a képzést, továbbképzést és kutatást központi feladatként végző, továbbá közoktatási tevékenységük mellett a pedagógusképzés és – továbbképzés gyakorlati nevelési – oktatási feladatait ellátó szervezeti egységek működnek:

(a) Az Egyetem gödöllői központjában működő központi, illetve összegyetemi igazgatási, gazdasági, oktatás- és kutatásszervező, forrásgeneráló, szolgáltató és szaktanácsadó szervezeti egységek.

­ a Belső Ellenőrzési Igazgatóság;

­ a Főtitkári Hivatal;

­ a Gazdasági Főigazgatóság;

­ a Zöld Út Nyelvvizsgaközpont;

­ a Szent István Egyetemi Kiadó;

­ az Agrár-felsőoktatási Tankönyvkiadó Iroda;

­ a Klíma Iroda;

(b) A Szent István Egyetem Könyvtára nyilvános tudományos közgyűjtemény, amely a karok könyvtárhálózata, valamint az intézeti és tanszéki könyvtárak útján látja el szak- és szépirodalmi, informatikai, valamint dokumentációs szolgáltatási feladatait.

Az Egyetemnek a Gödöllői Kampuszon, és a székhelyen kívüli karokon működő kollégiumai.

(c) Az Egyetem valamennyi karán tanügy-igazgatási szervezeti egységként működnek a kari (dékáni) hivatalok és tanulmányi osztályok, illetve csoportok vagy titkárságok. Az oktatási szervezeti egységek (intézetek, tanszékek, stb.) szervezetében az intézeti (tanszéki stb.) könyvtárakon kívül laboratóriumok, számítógépközpontok, kísérleti terek, kutató (megfigyelő) állomások működnek.

(d) A karon folyó pedagógusképzés és - továbbképzés gyakorlati nevelési-oktatási feladatait az Alkalmazott Bölcsészeti Karon

- a Szent István Egyetem Gyakorló Általános Iskola és Gimnázium (Jászberény);

a Pedagógiai Karon pedig,

- a Szent István Egyetem Gyakorló Óvoda és Gyakorló Általános Iskola (Szarvas), látják el.