A Szent István Egyetem (SZIE) a felsőoktatási intézmények integrációs programjának részeként a Gödöllői Agrártudományi Egyetem, az Állatorvos-tudományi Egyetem, a Kertészeti és Élelmiszeripari Egyetem, a Jászberényi Tanítóképző Főiskola, valamint az Ybl Miklós Műszaki Főiskola szervezeti integrációjával 2000. január 1-jén jött létre.

Az Egyetem struktúrája először 2003-ban módosult, amikor a budai kampusz három kara (volt Kertészeti és Élelmiszeripari Egyetem) kivált, melynek eredményeként 2008 végéig a SZIE hat karral, négy kampuszon működött.

2009. január 1-jei hatállyal a Tessedik Sámuel Főiskola (TSF) Tessedik Sámuel Egyetemi Központ (TEK) néven három karral és egy intézettel beolvadt a SZIE- be.

A 2011-es év további intézményi integrációt tett szükségessé: október 1-jével az Alkalmazott Bölcsészeti Kar beolvadt a Pedagógiai Karba és Alkalmazott Bölcsészeti és Pedagógiai Kar néven szarvasi központtal működik. A Víz- és Környezetgazdálkodási Kar valamint az Egészségtudományi és Környezet-egészségügyi Intézet pedig a Gazdasági Karba beolvadva Gazdasági, Agrár- és Egészségtudományi Kar néven békéscsabai központtal folytatja tevékenységét.

A karok feladatrendszere, szervezete és működése az utóbbi évtizedben jelentősen módosult, alkalmazkodva a megváltozott társadalmi és gazdasági környezethez.

Jelenleg a SZIE hét kampuszon, hét karral várja leendő hazai és nemzetközi hallgatóit egyaránt.